Programele de doctorat de la CEU sunt programe de studiu finanțate integral, cu o durată standard de 4 ani, care acordă o diplomă din SUA și o diplomă austriacă. Programul de doctorat nu are piste separate de sociologie și antropologie - ambele discipline sunt integrate. Studenții sunt încurajați să efectueze cercetări empirice folosind o mare varietate de metodologii, cu toate acestea, abordările informate teoretic care îmbrățișează o agendă intelectuală largă sunt prioritare.